合肥市妇幼保健医院原是1953年创建的市儿童健康指导所,同一年九月份经安徽卫生局准许,该名为合肥儿童保健所。1954年4月1号合肥幼儿保健所正式对外开展工作。文革期内,因为极左路线的影响,合肥市妇幼保健医院于1969年11月19日被撤销,人员分散。
1975年4月经合肥革委会准许,创立合肥妇幼保健所,归属于市卫生领导,核编10人,1975年合肥妇幼保健院正式运作。1985年经合肥编委会正式核编为59人。为了融入合肥城市建设需要和人民群众的妇幼保健院需求,经合肥卫生部门准许,二零零一年创立了合肥妇幼保健院高新开发区分所,二零零二年创立了合肥妇幼保健院新站试验区分所。二零零六年12月25日,合肥妇幼保健院从原六安路68号迁到新地址-合肥妇幼保健院中心(益民街15号)办公。