南京中医院，南京中医药大学第三附属医院，亦为南京红十字中医院，创立于1956年，位于全球闻名的南京夫子庙秦淮河畔，是一所集诊疗、教学、科学研究、防治、健康保健、康复治疗为一体的设备先进、技术精轧、专科齐备的三级甲等综合中医院。
南京中医院占地19300平米，诊疗用地44000平米，定编医院病床700张，年就诊率73万人次，住院患者1.8万人次。医院临床医学部门齐备，下设临床医学及康复医学部门37个，有一批中医学特色鲜明、医治效果突显的重点学科和医生。肛肠科为"十二五"地区国家卫生部临床医学重点专科，地区中医药管理局"十五"、"十一五"、"十二五"地区重点专科、重点学科；脑病科为地区中医药管理局"十二五"重点专科，"中医学脑病学"为江苏中医药学重点学科。现阶段，南京中医院有中医学重点专科3个：胃肠科、脑病科、妇产科；地区临床医学重点专科（中医学专业）2个：胃肠科、临床药学；中医学重点专科建设单位2个：脑外科、心血管疾病科；重点专科培养项目2个：护理专业、临床药学；江苏省中医重点专科2个：骨伤科、针灸科；江苏省中医重点专科建设单位2个：老年病科、肿瘤科；南京中医学重点专科4个：肠胃病科、肾病科、肾内科、健康养生康复医学科；南京中医学重点专科建设单位2个：肺结核科、风湿科。南京中医院还有着江苏中西医结直肠肿瘤诊治中心、南京中西医癌痛止痛中心、盆底中心、炎性肠病诊治平台、绝经期综合诊治平台等有关病症诊治平台，下设中医药学研究室、结直肠病研究室及南京医药学重点试验室。
